Es liegt daran, dass jedes Handle den Namen (und den Index) des zugewiesenen Parameters speichert.
Dieser Name und Index ändert sich während das Ziehens am Handle und dem dabei durchgeführten Sortieren nicht! Es wird zwar das Array vertauscht, aber der Index des Handles bleibt gleich, und "misst" dadurch einen falschen Wert.

Das Array lässt sich beim Ziehen am Handle nicht gleichzeitig sortieren!

Also braucht man ein zweites, sortiertes Array.

Dieses kopiert man aus dem ursprünglichen Array und sortiert es beim "Handle-Move".
Damit die Positionen der Handles dann wieder richtig sind, braucht man noch ein "Mapping"-Array,
welches sich beim Sortieren die Änderung der Indizes "merkt".

Die Polylinie zeichnet man dann mit dem sortierten Array, und die Handles werden an der "sortierten Stelle"
mit dem "Mapping-Array" dem korrekten Arraywert des unsortierten Arrays zugewiesen.

Folgende Hinweise noch zu Deinem SmartPart:
1. Der Typ des Arrays für die Punkt-Koordinaten darf nicht "Gleitkommazzahl" sonder muss vom Typ "Länge" sein!
2. Dein Bubble-Sort-Algorithmus ist unvollständig und uneffizient:
Der letzte Punkt wird nicht berücksichtigt, und es wird nicht abgebrochen, wenn in einer Iteration keine Vertauschungen mehr stattfinden.
3. Jede Änderung von Parameter-Array-Werten muss mit folgendem Muster erfolgen: a[i]=2*4 PARAMETERS a[i]=a[i]4. Bei "del_pnt" müssen die Arrays verkleinert werden mit REDIM a[new_cnt]