Una opción es asignar a cada capa del muro la altura que va a tener: borde inferior y borde superior. Esto tiene una limitación que yo no sé resover: las capas no pueden superponerse en planta.
Otra opción, sencilla, y válida cuando ese zócalo no tiene huecos tipo ventana, es crearlo como un muro de una sola hoja, con su altura correspondiente. En este caso, podrían superponerse los muros en planta si están en archivos distintos o si se desactiva la interacción automática.
Es lo que se me ocurre y lo que hago en ocasiones similares.

Yo me decantaría por modelar el muro con la hoja de zócalo (controlando su altura de forma independiente) ya que es una capa con más espesor que la pintura.

Para la pintura utilizaría la herramienta "Superficie lateral" y ajustaría su altura y posición.

Saludos.