2. Daraus werden die Deckenkanten (100% genau) für die Bezugsfläche verwendet.Das ist in Allplan nicht möglich! Kreisförmige Deckenränder gibt es nicht!

Deckenränder folgen immer einem 2D-Polygon.

Das ist klar, der Kreissegment ist polygonisiert.

3. Die Bezugsfläche ist verdreht.

Was meinst Du mit "in Ebenen transformierte 3D Körper (mit verdrehten Flächen) oder verdrehten Bezugsfächen" ?

3D Körper (deren einige Kanten Kurven sind) kann man in Ebenen wandeln, leider ist die Wandlung nicht zu 100% genau, sodass sich Arch-Bauteile an manchen Stellen nicht an Ebenen anpassen. Auch wenn man vorher 3D Element algemein in 3D Körper wandelt kann passieren dass sich die Teile der Arch. Bauteile nicht korrekt anpassen.

Ist die Bezugsfläche eine BRep-Fläche (gekrümmt) oder ebenflächig?

Nein, die Fläche ist nicht eben, sondern verdereht (die Besteht aus 2 Splines und mehreren Linien.

4. An manchen Stellen passt sich die Decke nicht and dieser Bezugsfläche an. Und die gut bekannte Meldung erscheint.

An welchen Stellen? Welche Meldung erscheint?Daten zum nachvollziehen wären sehr hilfreich!
Was passiert, wenn die Decke gröer ist als die Bezugsfläche?

An einigen Deckenränder passt sich die Decke an Standardebenen.
Inzwischen habe ich den Umriss größer als die Decke vorgesehen und die Passt sich jetzt ohne Meldung (an.
Wenn die Decke größer ist passt sich der "Restbereich" an Stadnardebenen.
Die Meldung: Die Daten auf dem Teilbild xxx sind inkorrekt...

Wird diese dann korrekt dargestellt?
Ich vermute mal, es ist eher ein Problem mit der Bezugsfläche/ den Bezugsflächen!

Wenn diese aus mehreren Ebenen Flächen besteht (z.B. durch Tesselierung der BRep-Fläche)
dürfen auf keinen Fall
1. vertikale Flächen

Es gibt keine vertikale Flächen.

2. sich im Grundrissprojektion überlappende Flächen
vorhanden sein.

Das ist auch nicht der Fall.

Sonst kommt es zu solchen Artefakten.
Wenn die Bezugsfläche eine BRep-Fläche ist, dann zuerst diese in der gewünschten Genauigkeit tesselieren lassen. Dann diese mit dem Geometrie-Plugin checken, und ggf. falsch orientierte Flächen umdrehen.

Das habe ich auch versucht.

Dann erst den Flächenverbund als Bezugsfläche zuweisen.
Vorteil: Eine tesselierte Bezugsfläche hat auch an den kreisförmigen Kanten einzelne Segmente, deren Punkte man als Decken-Ranpunkte fangen kann. Nur damit kann man sicherstellen, dass die Decke im Grundriss gesehen exakt mit der Bezugsfläche übereinstimmt.