Ciao Luca. Io modellerei tutto con il modellatore 3d interno di Allplan, utilizzando le varie operazioni booleane per ricavare le vare fughe. La "scocciatura" è che devi ovviamente bucare il tutto in corrispondenza degli infissi. Mi è capitato tempo fa di dover fare una cosa simile per il modello di una riqualificazione di un palazzo storico e ho ragionato in questa maniera. Ti allego un'immagine del progetto "digitalizzato".

Potresti usare la funzione "profilo parete" e ti crei la sezione del muro con le fughe, come elemento profilo la caricarsi.

Potresti disegnare la parete multistrato e realizzare un simbolo unico per facciata (comprensivo di fughe orizzontali, e inclinate).
Dopo fai intersecare la trave (Priorità maggiore rispetto a tutti gli strati della parete) alla profondità desiderata con lo strato più esterno della parete. Così non avresti problemi di multistrato...