Allora..
Problema n°1:
Per risolvere quella situazione io utilizzarei i livelli tetto. Farei un livello tetto con quella sezione e realizzerei le due pareti laterali che tu hai "troncato" perchè non riuscivi a raccordare, e gestire quelle inclinate correttamente come te con il profilo parete. Allego immagini...
Problema n°2:
Per la stratigrafia della parete il discorso è diverso. Cioè per il rivestimento interno di una parete, se vuoi vedere l'intonaco, la strategia più corretta sarebbe quella di utilizzare il comando vani e definire le finiture da lì e non aggiungere strati alla parete. Questo è corretto sia da un punto di vista grafico, in quanto puoi avere stanze con finiture diverse anche se la parete è la stessa (leggasi bagno, cucina, etc) sia da quello, più importante, dei computi metrici. Per l'intonaco esterno puoi aggiungere si uno strato e sulle proprietà di animazione dargli l'aspetto che vuoi.
Comunque per entrambi i problemi ci sono diverse soluzioni..quelle pareti "strane" puoi farle anche in 3D se poi devi armarle e basta..dipende cosa devi farne...