Ein Festplatte ist in lauter kleinste "Datencontainer" unterteilt, sogenannte Cluster. Diese habe eine bestimmte, feste Größe.
Wenn man jetzt Daten auf der Festplatte ablegt, verteilt sie das Sytem auf die Cluster.
Man kann sich vorstellen, je größer ein Cluster ist, desto mehr "Verschnitt" entsteht bei jeder Datei.
Wenn es viele Dateien gibt, die sehr viel kleiner sind, als ein Cluster, erhöht sich der Verschnitt zusätzlich!

Je größer der maximale Speicherplatz der Festplatten wird, desto größer werden meist auch die Cluster.
Aber: Man kann die Clustergröße beim Formatieren der Festplatte angeben.

Bei Windows werden immer beide Größen angezeigt: "Dateigröße" und "Dateigröße auf dem Datenträger" (Größe der belegten Cluster)

Wenn bei Dir ein sehr großer Unterschied zwischen beiden Werten besteht, deutet das auf eine ungünstige Cluser-Größe hin.