Ich habe das selbe Problem.
Nach Rücksprache mit dem Support ist es momentan so, dass alle Objekte, auch die ausgeblendeten, mit hochgeladen werden.
Es wird aber an die Entwicklung weitergegeben, um das Problem zu lösen.

Momentan ist wohl die einzige Möglichkeit (in meinem Fall soll die Möblierung nicht mit hochgeladen werden) die nicht hochzuladenden Layer auf ein extra Teilbild zu legen und dieses auszublenden, bevor man die Datei hochlädt.